学校创建于1958年，前身为连云港市卫生学校，1988年经江苏省人民政府批准更名为江苏省连云港中药学校，1996年成为全国中等中医药专业教育达标学校，2001年成为国家中医药管理局全国11所重点中等中医药学校之一。2004年3月，经江苏省教育厅批准，建立连云港中医药高等职业技术学校（同时增挂江苏联合职业技术学院连云港中医药分院）。2005年1月，被教育部认定为第二批国家级重点中等职业学校。目前，学校在连云港市新区社会事业园区新征净地215.9亩，按5000人规模进行规划，整体方案已经确定。